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O Mestrado em Ciências Farmacêuticas foi aprovado em 2000 (resolução interna 071/CONSEPE/00, Conselho Estadual de Educação (Resolução 411, em 10/09/2002) e recomendado pela CAPES (ofício 177-08/2005/CTC/CAPES) em 25 de maio de 2005.

Nesta avaliação o Programa recebeu conceito 3. Já no triênio 2007-2009 o Programa alcançou o conceito 4 o que promoveu o estímulo para a elaboração da proposta do Doutorado na área.

Em novembro de 2011 a CAPES aprovou o Curso de Doutorado em Ciências Farmacêuticas, o qual, juntamente com o Curso de Mestrado já existente, compõe o Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas.

Em 17 de julho de 2012, o Conselho Estadual de Educação de Santa Catarina - CEE, reconheceu o Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu - Doutorado em Ciências Farmacêuticas - através do parecer nº 160 / Processo SED 00004287/2012.