A Escola do Mar, Ciência e Tecnologia possui um total de 12 (doze) Grupos de Pesquisa cadastrados no CNPq, e concentrados na área ambiental. Todos os grupos são liderados por professores do PPCTA. A lista dos Grupos de Pesquisa é apresentada a seguir:
- Programa de Estudos Ambientais para o Setor de Óleo Gás
- Sistemas de Informação em Gestão Ambiental
- Grupo de Estudos Pesqueiros
- Biologia e Ecologia de Mamíferos Marinhos
- Avaliação e Tratamento da Poluição Ambiental
- Estudos de Impactos Ambientais em Ecossistemas Aquáticos
- Ecologia do Plâncton
- Conservação dos Ecossistemas Costeiros
- Genética molecular aplicada
- Microbiologia e toxicologia ambiental
- Bioprospecção marinha
- Ecologia dos Sistemas Costeiros