O Projeto Pedagógico do Colégio de Aplicação Univali tem por objetivo indicar as grandes perspectivas que orientam a ação educativa .
O projeto traz elementos como: atribuições e competências administrativas, financeiras e pedagógicas da escola; como a escola compreende a questão da avaliação, do currículo, da utilização das novas tecnologias na educação e sobretudo da relação entre professores e alunos e entre escola e comunidade; a avaliação da aprendizagem escolar; perfil do quadro docente, projetos e ações previstas para o ano.
Atualmente o Projeto Pedagógico do Cau encontra-se em fase de reestruturação e a equipe pedagógico vem dialogando com a Pró-reitoria de Ensino no sentido de afinar a seu discurso e pratica com a proposta institucional.